İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 2547 sayılı Yüksek Öğretim Kanunu ile 1982 yılında Fen ve Mühendislik dallarında lisansüstü öğretim yaptırmak üzere kurulmuştur. Enstitümüz, 1983-84’de Matematik, Fizik, Astronomi ve Uzay Bilimleri, Biyoloji, Kimya, Kimya Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Jeofizik Mühendisliği, Orman Mühendisliği, Orman Endüstri Mühendisliği Anabilim Dallarından oluşan bir yüksek öğretim kurumu iken 1986-87’de Su Ürünleri Mühendisliği Anabilim Dalı; 1989-90’da Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı; 1990-91’de Makine Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, Bilgisayar Bilimleri Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı Anabilim Dalları; 1991-92’de Elektrik-Elektronik Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Metalurji Mühendisliği, Deniz Ulaştırma ve İşletme Mühendisliği Anabilim Dalları; 1992-93’de Çevre Bilimleri, Savunma Teknolojileri Anabilim Dalları;1993-94’de Biyomedikal Mühendisliği Anabilim Dalının yanısıra Su Ürünleri Temel Bilimleri, Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi, Su Ürünleri Yetiştiriciliği Anabilim Dalları; 2000-2001 Öğretim yılı bahar yarıyılından itibaren Ortaöğretim Alan Öğretmenliği alanında Fizik Öğretmenliği, Kimya Öğretmenliği, Matematik Öğretmenliği ve Biyoloji Öğretmenliği bölümlerinde tezsiz yüksek lisans; 2001-2002 ‘de Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim dalı 2003-2004’de Enformatik Anabilim Dalı, 2008-2009′da İlköğretim Anabilim Dalı  öğretime açılmıştır. 2013 yılında Eğitim Alanına giren Anabilim Dalları Eğitim Bilimleri Enstitüsüne aktarılmıştır. Enstitümüzde öğretim, Üniversitemizin Mühendislik Fakültesi, Fen Fakültesi, Orman Fakültesi ve Su Ürünleri Fakültelerinde yürütülmekte ve bilim hayatına araştırıcı ve akademik personel yetiştirmek üzere hizmet veren Enstitümüz 28 Anabilim dalında öğretim faaliyetini sürdürmekte iken 667 sayılı KHK ile kapatılan Fatih Üniversitesinden lisansüstü öğrenciler aktarılmış ve toplam Anabilim Dalı sayısı 33’e yükselmiştir. 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununa, 7141 sayılı Kanunun 7 nci maddesi ile eklenen Ek Madde 182 ile 18.05.2018 tarihi itibariyle İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa adıyla yeni üniversite kurulduğundan ve ilgili Kanunla Mühendislik Fakültesi ve Orman Fakültelerinde yer alan Enstitümüze bağlı Anabilim Dalları İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Müdürlüğüne aktarıldığından 13 Anabilim Dalında eğitim- öğretim faaliyetini sürdürmektedir.

Enstitünün organları, Enstitü Müdürü, Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kuruludur.

Enstitü, Beyazıt Kampüsünde Besimömer paşa caddesi üzerinde yer alan Esnaf Hastanesi binasının 4. Katında hizmet vermektedir.