Biyoinformatik Sistem Biyolojisi

BİYOİNFORMATİK VE SİSTEM BİYOLOJİSİ TEZLİ YÜKSEK LİSANS PROGRAMI

Günümüzde farklı kaynaklardan özellikle sağlık ve biyolojik bilimlerde üretilen ve katlanarak biriken devasa boyuttaki biyolojik veri setlerinin işlenmesi, analiz edilmesi, anlamlandırılması, yararlı ve kullanışlı hale getirilmesi çok büyük önem taşımaktadır. Bu ihtiyaçtan dolayı “Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi” bilim alanı ortaya çıkmıştır. Bu çalışma alanı tüm organizmalardan deneysel biyoloji sayesinde elde edilen büyük boyutlardaki veri setlerini, uygulamalı matematik araçların ve tekniklerin kullanılması ile matematiksel modellere dönüştürerek karmaşık biyolojik süreçleri bütünleyici bir bakış açısı ile daha iyi anlamamıza yardımcı olur. Bu yüzden sistem biyolojisi ve biyoinformatik çalışma alanının özellikle biyoloji, tıp ve biyomedikal alanlarına katkıda bulunması ve çıktılarının yaygın bir etki yaratarak çığır açıcı gelişmelere olanak sağlayacak olması kaçınılmazdır. Programımız Fen Bilimleri Enstitü içerisinde bulunan diğer programlara eğitim ve öğretim, araştırma ve geliştirme odaklı bir yaklaşım ile tamamlayıcı ve destekleyici müfredatıyla katkıda bulunacaktır. Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi tezli yüksek lisans programının eğitim ve araştırma stratejisi; hesaplamalı biyoloji, protein mühendisliği, ilaç tasarımı ve geliştirme, gen ve genom düzenleme aygıtları, yeni nesil aşı teknolojileri, sentetik biyoloji, bitki-patojen genom analizleri ile metagenomik analizler, gelişmiş mikroskopi teknikleriyle patojen organizmaların gerçek zamanlı görüntülenmesi ve erken tanı sistemleri, fonksiyonel genomik, karşılaştırmalı genomik, NGS teknolojisi, Crispr–Cas9 teknolojisi, bitki kimyası ve biyoaktif bileşen analizleri, veri bilimi, biyoistatistik, biyolojide makine öğrenmesi gibi öncelikli araştırma konularında ve ülkemizin bu yöndeki araştırma ihtiyaçlarını karşılayacak bütüncül bir bakış açısı kazandırmaktır. Bu program çeşitlilik arz eden kapsamı ile farklı disiplinlerden (biyoloji, fizik, kimya, matematik, moleküler biyoloji ve genetik, tıp, eczacılık, biyomühendislik, bilgisayar mühendisliği ve biyomedikal mühendisliği) gelen öğrencileri kabul edecek olup nitelikli lisansüstü Sistem Biyologlarının yetiştirilmesine olanak sağlayacaktır.



                                                                                            Prof.Dr. Gül Cevahir ÖZ

Prof.Dr. Gül Cevahir ÖZ, İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalı öğretim üyesi ve Üniversitemiz Bitki ve Bitkisel Ürünler Uygulama ve Araştırma Merkezi müdürüdür. Lisans derecesini İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümünden, Yüksek Lisans ve Doktora derecesini ise İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Botanik programından almıştır. Temel araştırma alanları arasında bitki fizyolojisi, bitkilerde oksidatif stres ve antioksidan mekanizmalar, bitki biyoteknolojisi, fonksiyonel gıda, nutrasötikler, biyoaktif bileşenler ve metabolomik yeralmaktadır. (e-posta: cevahirg@istanbul.edu.tr)

Prof.Dr. Çiğdem EROL

                                                                                             


2001 yılında İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümünden mezun olan Dr. Erol, yüksek lisans (2005) ve doktora (2010) eğitimini de aynı üniversitede Biyoloji alanında tamamlamıştır Dr. Erol 2018 yılında Yönetim Bilişim Sistemleri alanında Doçent ünvanını almış, 2024 yılında Profesör olmuştur. 2003-2024 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Enformatik Bölümü’nde görev yapmıştır. 2024 yılında kurulan İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Bilgisayar Bilimleri Bölümünde bölüm başkanlığı görevini yürütmektedir. Veri Madenciliği, Biyoenformatik, Makine öğrenmesi, Sağlık Bilişimi ve Yapay Zeka alanlarında lisans ve lisansüstü dersler vermekte, araştırmalar yapmakta ve tezler yürütmektedir. Ulusal ve uluslararası yayınlarq ilave olarak Acta Infologica ve Sağlık Bilimlerinde Yapay Zeka dergilerinde editör olarak görev yapmaktadır. 

(e-posta: cigdems@istanbul.edu.tr)

Doç.  Dr.  Ali Cihan TAŞKIN


Doç. Dr.Ali Cihan TAŞKIN’ın araştırma alanları laboratuvar hayvanları embriyoloji ve yardımcı üreme teknikleri üzerinedir. 2004 yılında İstanbul Veteriner Fakültesinden mezun olmuştur. 2002 yılında Ludwig Maximilian Üniversitesi Veteriner Fakültesi Münih, Almanya’da Cerrahi anabilim dalında stajını tamamlamıştır. 2005-2008 Yıllarında Kocaeli Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Biriminde Öğretim Görevlisi olarak görev yapmıştır. 2008-2012 yılları arasında TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi Gen Mühendisliği Biyoteknoloji Enstitüsü, Transgenik Araştırma Laboratuvarında araştırmacı olarak görev yapmıştır. 2012-2021 yılları arasında Koç Üniversitesi Hayvan Araştırma Laboratuvarı Koordinatörü görevi ve embriyo manipülasyon laboratuvarı sorumlusu olarak görev yapmıştır. 2021 yılından itibaren günümüzde İstanbul Üniversitesi Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Laboratuvar Hayvanları Bilimi Anabilim dalı öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. 

(e-posta:ataskin@istanbul.edu.tr -alicihantaskin@gmail.com)

Doç.Dr. Mehmet Güven GÜNVER



Lisans eğitimini Yıldız Teknik Üniversitesi Matematik Mühendisliği Programında 2003 yılında, Yüksek Lisans eğitimini İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Programında 2014 yılında, Doktora eğitimlerini İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Programında 2018 yılında tamamlayarak PhD ünvanlıyla mezun olmuştur. 2019 yılında Üsküdar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi İstatistik Anabilim Dalına Doktor Öğretim Üyesi olarak atanmıştır. 2020 yılında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalına Doktor Öğretim Üyesi olarak atanmış, 27.01.2023 tarihinde Biyoistatistik alanında Doçent ünvanını almıştır. 01.12.2023 tarihi itibariyle aynı anabilim dalında Doçent Doktor olarak görev yapmaktadır. (e-posta: guven.gunver@istanbul.edu.tr)

Dr.Öğretim Üyesi Mehmet TARDU


İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümünde Botanik Anabilim Dalı öğretim üyesidir. Lisans derecesini Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden almıştır. Yüksek lisans eğitimini Boğaziçi Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği bölümünde doktora derecesini ise Koç Üniversitesi Hesaplamalı Bilimler ve Mühendisliği bölümünde tamamlamıştır. Sonrasında 2017-2021 yılları arasında uzman araştırmacı olarak Michigan Üniversitesinde çalışmalarını sürdürmüştür. Başlıca araştırma konuları arasında hesapsal biyoloji, RNA biyolojisi ve RNA-temelli terapötikler sayılabilir. Çalışmalarını sürdürdüğü RNA Biyolojisi Araştırmaları laboratuvarının kurulmasında sorumlu araştırmacı olarak yer almıştır.

(e-posta: mehmet.tardu@istanbul.edu.tr)

Dr.Öğretim Üyesi Işıl TULUM


Dr. Işıl TULUM İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalında proje koordinatörüdür. Lisans derecesini Marmara Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümünden almıştır. Yüksek Lisans derecesini İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Botanik programında tamamladı. 2011 yılında Japonya Büyükelçiliği tarafından verilen “Japan Government Monbukagakusho: MEXT Research Fellowship for Doctoral Studies” bursunu almaya hak kazanarak doktora çalışmaları için Japonya’ya yerleşti. Doktora çalışmalarını Osaka City Üniversitesi’nde Prof. Makoto Miyata ile sürdürdükten sonra, 2014 yılında doktor derecesini aldı. Aynı üniversitede Biyoloji ve Tıp lisans birinci sınıflarına “Trends in Biology 101” dersini hem Japonca hem de İngilizce olarak verdi. 2018 yılında Tokyo Üniversitesi Uygulamalı Kimya bölümünde Prof. Hiroyuki Noji’nin Biyomoleküler Enerjetik laboratuvarına dahil oldu. Akademik çalışmalarının yanısıra, Daikin Industries, Ltd. (Japan) ile klimalarda kullanılmak üzere antibakteriyel filtre geliştirilmesi ve Kurabo Industries, Ltd. (Japan) ile havalimanları ve hastanelerde kullanılmak üzere antibakteriyel yüzey materyali geliştirilmesi konularında işbirliği çalışmaları yürüttü. 2019 yılında TÜBİTAK- 2232 Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı desteğini almaya hak kazanarak, İstanbul Üniversitesi Botanik Ana Bilimdalına proje koordinatörü olarak katıldı. Çalışma konuları arasında Mollicute ailesi bakterilerin patojenik yolaklarının moleküler mekanizmaları ve terapötik uygulamaları, ileri mikroskopi teknikleri, fitopatoloji, biyomühendislik ve sentetik biyolojidir. The International Organization for Mycoplasmology (IOM), The American Society of Microbiology (ASM), The Biophysical Society of Japan, The Japanese Society of Mycoplasmology ve The Japanese Society for Bacteriology üyelikleri bulunmaktadır.  (e-posta:iciltim@gmail.com)


Dr.Öğretim Üyesi Yusuf Can GERÇEK


Doktor Öğretim Üyesi Yusuf Can Gerçek, İ. Ü. Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalı öğretim üyesidir. Lisans derecesini İstanbul Üniversitesi’nden, doktora unvanını ise İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Botanik Programında tamamlamıştır. Araştırma alanları arasında bitki ve gıda kimyası, kromatografi ve bitki fizyolojisi çalışmaları yer almaktadır. 2015 – 2023 yılları arasında 30 projede yürütücü ve araştırmacı olarak çalışmış, 24 adet SCI’de taranan dergilerde yayın yapmış ve 40 adet bildirisi bulunmaktadır. Web of science H indeksi 10 olup, google scholar H indeksi 12’dir. Üniversitemiz Bitki ve Bitkisel Ürünler Uygulama ve Araştırma Merkezi Gıda Analiz Laboratuvarı sorumlusu ve yönetim kurulu üyesidir. Fen Fakültesi Çevre, Gıda ve Enstrümental Analiz Laboratuvarı kurulumunda sorumlu araştırmacı olarak yer almıştır.

(e-posta: yusuf.gercek@istanbul.edu.tr)


Dr. Öğretim Üyesi Mehmet Ali ERTÜRK


Dr. Öğretim Üyesi Mehmet Ali ERTÜRK İstanbul Üniversitesi Bilgisayar ve Bilişim Teknolojileri Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı öğretim üyesidir. Lisans derecesini Doğuş Üniversitesi Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümünden almıştır. Yüksek Lisans ve Doktora derecelerini İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bilgisayar Mühendisliği’nden almıştır. Araştırma konuları dijital ikiz, kablosuz iletişim protokolleri ve siber güvenlik alanlarını kapsamaktadır. (e-posta: mehmetali.erturk@istanbul.edu.tr)

                                                                                 Dr.Öğretim Üyesi Abbas MEMİŞ

                                                                                 ​


İstanbul Üniversitesi, Bilgisayar ve Bilişim Teknolojileri Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü öğretim üyesi olan Dr. Abbas MEMİŞ, lisans eğitimini 2010 yılında Yıldız Teknik Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nde tamamlamıştır. Yüksek lisans (YL) ve doktora (DR) derecelerini ise sırasıyla 2013 ve 2020 yıllarında Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı’ndan almıştır. Dr. Abbas MEMİŞ ağırlıklı olarak bilgisayarla görme, görüntü işleme, medikal görüntü analizi, yapay zekâ ve tıpta/sağlıkta yapay zekâ konularında araştırma çalışmaları yürütmektedir.  (e-posta: abbas.memis@istanbul.edu.tr)

Öğr.Gör.Dr. Hande MORGİL GERÇEK



Öğr.Gör.Dr. Hande Morgil GERÇEK, lisans eğitimini İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümünde 2009 yılında tamamlamıştır. Yüksek lisans (2012) ve doktora (2019) eğitimini de İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji programında tamamlayarak PhD ünvanlıyla mezun olmuştur. 2014 yılı itibariyle İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalında öğretim görevlisi olarak görev yapmaktadır. Bitki Moleküler Fizyolojisi, Bitki Biyoteknolojisi, Yeni Nesil Bitki Islahı Yöntemleri ve RNA Biyolojisi alanlarında lisansüstü dersler vermekte, araştırmalar yapmaktadır. (e-posta: hande.morgil@istanbul.edu.tr)